RSU Purwogondo pada awalnya adalah sebuah Klinik dan Rumah Bersalin yang menempati sebuah rumah di Desa Kalipurwo, Kuwarasan, Kebumen yang dikelola oleh Bapak Cipto Waluyo S.Kep. Ns. dan Ibu Karsih, yang dirintis sebelum bermetamorosis menjadi Rumah Sakit.
Keberadaan RSU Purwogondo yang saat ini ada, dilatarbelakangi oleh tuntutan masyarakat di wilayah ruang lingkup pelayanan yang membutuhkan pelayanan kesehatan yang secara jarak jangkau dekat dengan tempat tinggal mereka dan juga pelayanan yang secara kualitas setara dengan beberapa Rumah Sakit yang sudah ada sebelumnya di Kebumen.
Tingkat kepercayaan masyarakat yang terus meningkat terhadap kualitas pelayanan RSU Purwogondo menyebabkan terus diperluasnya jenis pelayanan yang disediakan untuk mereka. Sehingga pada Maret 2007 RSU Purwogondo resmi didirikan untuk menampung animo masyarakat terhadap pelayanan kesehatan yang diberikan oleh RSU Purwogondo.